我们所赖以生存的地球由生物和非生物两大部分组成。空气、水、岩石是非生命世界的主要组成部分。而在生命世界，除了我们人类、各种各样的动物和植物之外，就是微生物了。生物与生物，生物与其环境之间都在不断的进行相互作用，既相互依赖，又相互制约，并进行物质、能量和信息的交换。生物与环境之间的这种关系叫作生态关系简称为生态。微生物生态就是微生物与微生物之间，微生物与包括人类在内的动物、植物之间以及与非生物之间的关系，包括微生物在自然环境中的作用以及环境因素对微生物的影响等。